از دو جزء تشکیل شدهاست: نا (ناو؛ کشتی) + خدا (صاحب یا رئیس). «نا» کوتاهشده «ناو» است و «ناخدا» هم کوتاهشده «ناوخدا»ست. «ناوخدا» اضافه مقلوب است، یعنی خدای ناو، یا به عبارتی یعنی رئیس یا فرماندهِ کشتی. پسوند «-خدا» را در واژههای دیگری هم داریم: کدخدا (رئیسِ دِه)، دِهخدا (رئیسِ دِه)، خانهخدا، (صاحبخانه). واژه فارسیِ «ناو» (کشتی) و واژه انگلیسیِ navy (نیروی دریایی) ریشه هند و اروپاییِ مشترکی دارند.